Con el firme objetivo de proteger las reservas naturales, el Ministerio del Ambiente y Desarrollo Sostenible (Mades), en su rol autoridad de aplicación realizó fiscalizaciones y controles en áreas del Parque Nacional San Rafael. Esta medida obedece a que se ha recibido denuncias sobre extracción de rollos y habilitación de áreas para cultivos ilegales.
En ese sentido, fiscalizadores Ambientales del Mades realizaron una serie de verificaciones e intervenciones en la zona de la reserva para Parque Nacional San Rafael, donde se ha podido identificar puntos de extracción de rollos, invasiones para asentamiento humano, habilitación de áreas para cultivos ilegales, siendo esta última una de las amenazas constantes y principales del área.
Dentro de la superficie administrada por el Mades, donde se cuenta con la presencia de guardaparques, no se identifican mayores conflictos, siendo fuera de estas zonas donde se observan los avances y la extensión de las actividades ilícitas, especialmente en las áreas privadas invadidas y tierras manejadas por comunidades indígenas.